本中心利用中国种子集团有限公司自主研制的水稻SNP芯片对水稻种质资源进行分析，包括亲缘关系分析、聚类分析、遗传差异分析、籼粳成分分析、特定功能基因鉴定等。根据情况，可以选择探针密度为6K（高质量标记数约4500个）和90K（高质量标记数约65000个）的芯片。 

中国种子集团有限公司生命科学技术中心（以下简称“科技中心”）是由中化集团所属中国种子集团（以下简称“中种集团”）于2010年6月投资兴建，是服务于中国种业，具有世界领先水平的植物生物技术和作物新品种研发基地,致力于开展农作物生物育种技术的开发和应用研究，高起点地引进世界上最先进的科研仪器与设施，借鉴国际经验，建立和推广“工厂化、流水线式”的商业育种模式，将基因组学、分子生物学的最新研究成果与常规育种领域的丰富资源有效整合，持续推出具有自主知识产权的“少施化肥、少打农药、节水抗旱、优质高产”的绿色超级农作物新品种。

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